למכון פוע"ה כמה סדרות ספרים שיצאו לאור על ידי מחלקת המחקר ההלכתי והספרות: 1. ספר פוע"ה – ארבעה כרכים של מדריך הלכתי מעשי לחיי משפחה (כולל הלכות טהרת המשפחה), פוריות, רפואת נשים, היריון ולידה, אורולוגיה ועוד, בעריכת הרב גבריאל גודלמן, רבה של כפר אדומים, והרב מנחם בורשטין, ראש מכון פוע"ה. הספרים מיועדים לרבנים, רופאים, אנשי מקצוע בפרט, ולציבור הרחב בכלל. ספרי פוע"ה הפכו לספרי יסוד בפסיקה ההלכתית המורכבת בהלכות טהרת המשפחה, וכן בענייני רפואה והלכה. 2. שו"ת פוע"ה – ארבעה כרכים שמאגדים בתוכם את השאלות שנשאלו פוסקים חשובים על ידי רבני מכון פוע"ה ואת תשובותיהם של הפוסקים בתוספת מבואות רפואיים הלכתיים, סיכומים והערות, בעריכת הרב אריה כץ, מנהל המחלקה למחקר הלכתי וספרות במכון פוע"ה. השאלות עוסקות בענייני רפואה והלכה בכלל, ובפרט במניעת היריון, פוריות, טהרת המשפחה, היריון ולידה. ספר חובה לרבנים, למעבירי שיעורים בענייני רפואה והלכה ולכל מי שמתעניין בתחום. 3. שו"ת שאגת כהן – שני כרכים שמאגדים בתוכם מאמרים הלכתיים, תשובות הלכתיות ופסקי דין בנושאי פוריות, יוחסין, טהרת המשפחה, דיני ממונות ועוד, שנכתבו על ידי הרב אריה כץ, מנהל המחלקה למחקר הלכתי וספרות במכון פוע"ה. הספר מיועד לרבנים שפוסקים בתחומים הללו, לדיינים, ולכל מי שיש לו רקע ישיבתי ומעוניין להרחיב את ידיעותיו בתחומים הללו. 4. בנייה עדי עד – מדריך לחיי זוגיות טובים ומוצלחים, שנכתב על ידי הרב אליהו האיתן, רב יועץ ופוסק במכון פוע"ה ויועץ זוגו בעל ניסיון רב שנים. ספר חובה לכל זוג צעיר (וגם לזוגות פחות צעירים). 5. תשעת ירחי מידע – מדריך קצר למושגי יסוד בענייני היריון, לידה, פוריות וגנטיקה, מאת הרב דוב פופר, רב יועץ ופוסק במכון פוע"ה ויועץ גנטי מומחה. המדריך מיעוד לכל מי שעוסק בתחום, ובפרט לרבנים, רופאים ואנשי מקצוע, אך גם לכל אדם שרוצה לקבל מידע אמין ותמציתי בתחומים הנ"ל. מלבד זאת, מכון פוע"ה שוקר בימים אלו על כתיבה והוצאה של ספרים חדשים, ביניהם: אוצר המושגים של ספר פוע"ה שהוא מעין אנציקלופדיה מקיפה להגדרות והרחבות של המושגים שמוזכרים בספר פוע"ה, כרכים נוספים של שו"ת פוע"ה ושל שו"ת שאגת כהן, ספר הדרכה חדש לחתנים וכלות ועוד. מומלץ לעקוב אחרי פרסומי המכון בעניין.